De acuerdo a la legislación local y los tratados internacionales de los que México forma parte, para garantizar el debido proceso, una vez agotado el procedimiento administrativo se podrá proceder por la vía penal, con penas que podrían alcanzar los 29 años de prisión por la acumulación de delitos cometidos.

Entre estas denuncias destaca la presentada por delito de lesa humanidad como es la tortura, el cual por su gravedad no prescribe y que conlleva a una pena de 4 a 15 años de prisión, con prisión preventiva oficiosa.

Las denuncias administrativas y penales que se han presentado hasta el día de hoy es en contra del ex Gobernador del Estado Javier C.J.; 6 Jueces de primera instancia en materia Penal, adscritos al Distrito de Morelos en funciones de Control del Poder Judicial del Estado; 5 agentes del Ministerio Público y sus superiores; 5 funcionarios y exfuncionarios del Poder Ejecutivo, Legislativo y de la Auditoría Superior del Estado, 3 particulares que rindieron falsos testimonios, así como contra quien resulte responsable.

Cita como ejemplo el caso de los agentes del Ministerio Publico Marisol Ch. M. y Eduardo Ch. C., quienes dolosamente ocultaron el testimonio del Auditor Especial de municipios de la Auditoria Superior del Estado, quien declaró ante ellos mismos que nadie había ordenado borrar u ocultar información de los Informes técnicos de Resultados y, aún más, que no había ninguna irregularidad o ilegalidad en el procedimiento.

Destacando que con esa declaración bastaba para decretar el no ejercicio de la acción penal y, en vez de ello, estos agentes ilegalmente solicitaron orden de aprehensión, vinculación a proceso y prisión preventiva en contra de Jesús Esparza Flores.

Señalando que ante esta acción se generó un daño irreparable de 4 años y 12 días de prisión. 

Recordando además que, la Ministerio Público Marisol Ch. M tiene 2 denuncias más en el fuero local y una en el fuero federal por falsear informes a jueces federales